ACE抑制酶配体研发智能体

项目概述

本项目是一个基于 OpenBioMed 平台的AI智能体系统，旨在通过“数据驱动-自主决策-闭环优化”的智能流程，自动化地进行ACE（血管紧张素转化酶）抑制酶配体的发现和优化。

智能体通过与虚拟的药物研发环境进行交互，自主学习和决策，以期找到具有高活性和良好对接能力的候选肽段药物。

核心任务与分工

智能体环境与交互模块工程师: 杜杨洋, 文重

• 核心任务: 搭建智能体运行的“虚拟环境”，定义与外部工具（如分子对接软件、数据库）的交互接口。
• 具体工作:
  • 模拟ACE抑制酶配体研发场景，将“肽段序列库→活性预测→分子对接→优化设计”流程抽象为智能体可交互的环境状态（如当前候选配体、预测分数、对接结果）。
  • 编写接口代码，实现智能体与 OpenBioMed 模型（如调用MolFM预测活性）、Schrödinger 分子对接工具、PDB 数据库的自动通信。
  • 设计环境反馈机制：将分子对接打分（如Glide Score）、活性实验数据（如IC50值）转化为智能体的“奖励信号”。

项目结构

• main.py: 项目主入口，负责初始化和运行整个优化流程。
• decision/: 包含智能体的决策逻辑（agent.py）。
• environment/: 定义了智能体交互的虚拟环境（ace_environment.py）。
• optimization/: 实现了闭环优化的核心控制器（closed_loop_optimizer.py）。
• interfaces/: 封装了与外部工具（OpenBioMed, Schrödinger, PDB）的API接口。
• OpenBioMed-main/: OpenBioMed平台代码，作为后端服务运行。
• results/: 存放优化过程中的输出结果，如最佳配体和日志。
• figures/: 保存优化过程的可视化图表。

如何运行

1. 启动OpenBioMed服务: 在项目根目录下，打开一个新的终端，运行以下命令启动后端服务：

   bash OpenBioMed-main/scripts/run_server.sh
   

   请确保服务成功启动并监听在 http://localhost:8083。

2. 运行主程序: 在当前终端中，运行主程序启动优化流程：

   python main.py
   

3. 查看结果: 优化完成后，结果将保存在 results/ 目录下，优化过程图将保存在 figures/ 目录下。