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医学影像数据集集锦

前言

本项目的目标是整理一个医学影像方向数据集的列表，提供每个数据集的基本信息，并在License允许的前提下提供不限速下载。如果您想使用的数据集不在列表中我们可以提供免费代下。项目按照数据集模态或关注的器官分类。当前共收录约 20 个方向的 80+ 个数据集

医学影像数据集众多多且专业性强，众人拾柴火焰高！如果您使用过列表中没有的数据集，或发现列表中的信息有任何疏漏，我们非常希望您可以参与项目建设。

联系维护者:me@linhan.email 微信 linhandev

目录

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• 医学影像数据集集锦
• 前言
• 目录
• 肝脏
  • LiTS
  • Sliver07
  • 3D-IRCADB
  • CHAOS
  • TCGA-LIHC
  • MSD肝脏血管分割
• 肺
  • MSD肺癌分割
  • LoLa11肺叶分割
  • StructSeg2019
  • 肺部多病智能诊断
  • CheXpert
  • NIHChest Xray
  • QIN Lung CT
  • 4D-Lung
  • NSCLC-Radiomics
  • vessel12 肺部血管分割
  • 肺结核
    • Shenzhen Hospital X-ray Set
    • Montgomery County X-ray Set
  • 肺炎
    • Ieee8023
    • covid19-ct-scans
    • COVID-CT
    • Figure1-COVID-chestxray-dataset
    • RSNA肺炎检测
    • CovidX
    • Flyai Covid
    • covid19-radiography-database
    • COVID-19-AR
    • CT Images in COVID-19
  • 肺结节
    • LIDC-IDRI
    • LUNA16
    • 天池肺部结节
    • LNDB
    • Lung Nodule Malignancy
    • Data Science Bowl 17
    • Lung-PET-CT-Dx
  • 气胸
    • SIIM-ACR Pneumothorax Segmentation
• 胸
  • CBIS-DDSM
  • QIN Breast
  • Rider Breast MRI
  • ACRIN 6688
  • BraTS2013
  • BraTS2015
  • BraTS2021
• 脑
  • MSD脑瘤分割
  • MSD海马体分割
  • Iseg2019
  • ABIDE
  • ADNI
  • CQ500
  • 脑出血
    • RSNA Intracranial Hemorrhage Detection
• 肾脏
  • Kits19
• 肠
  • CT COLONOGRAPHY
  • MSD肠道分割数据集
• 心脏
  • EchoNet
  • MMWHS
  • MSD心脏分割
  • 主动脉
    • 冠状动脉分割
• 眼睛
  • DRIVE
  • ODIR-5k
  • FIRE 视网膜图像数据
  • STARE
  • CHASE_DB1
  • IDRiD
• 前列腺
  • PANDA
  • MSD前列腺分割
  • QIN-PROSTATE-Repeatability
• 胰腺
  • MSD胰腺分割
  • PDMR-833975-119-R
• 皮肤
  • SIIM-ISIC Melanoma Classification
• 镜检
  • 细胞
    • Data Science Bowl 18
    • 血细胞涂片分类
    • ISBI细胞跟踪
  • 穿刺
    • BCNB乳腺癌穿刺活检
• 骨骼
  • MURA-1.1
  • RSNA Bone Age
  • 磁共振图像脊柱结构多类别三维自动分割
  • 膝盖
    • MRNet
  • 脊椎
    • Verse大规模脊椎分割数据集
• VQA
  • PathVQA
• 内窥镜
  • SARAS-MESAD
  • SARAS-MESAD
• 数字病理
  • CAMELYON
• 心电图
  • CAMELYON
• 交流群
• 医学影像数据库
• 参考项目/列表
• 贡献者
• Release Note

肝脏

LiTS

LiTS数据集包含131组训练扫描和70组测试扫描，其中70组测试数据标签不公开。LiTS训练集中包含3DIRCADB中的所有数据，所以不要合并这两个数据集。Medical Segmentation Decathlon中肝脏分割的数据集就是LiTS。

分割结果可以在线提交进行评估，在线提交方法参考。 在线提交地址

数据集论文：The Liver Tumor Segmentation Benchmark (LiTS)

相关项目： 基于Paddle的肝脏CT影像分割

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Sliver07

这个数据集比较老了，现在用的也比较少，一些研究会将sliver和lits合起来，这样基本上就是所有常用的关于肝脏分割的公开数据了。mhd格式可以用 SimpleITK 读，在medseg项目中有转换成nii的脚本

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3D-IRCADB

3D-IRCADb是比较早的一个数据集，有两个子集，分别包含20组和2组CT片子。

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CHAOS

CHAOS是一个多脏器，多模态分割数据集。

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TCGA-LIHC

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MSD肝脏血管分割

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肺

MSD肺癌分割

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LoLa11肺叶分割

LoLa11 包含55套CT数据，未发现任何公开标注信息

zenodo下载

StructSeg2019

肺部多病智能诊断

CheXpert

介绍论文： CheXpert: A Large Chest Radiograph Dataset with Uncertainty Labels and Expert Comparison

相关项目

NIHChest Xray

介绍论文： ChestX-ray8: Hospital-scale Chest X-ray Database and Benchmarks on Weakly-Supervised Classification and Localization of Common Thorax Diseases

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QIN Lung CT

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4D-Lung

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NSCLC-Radiomics

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vessel12 肺部血管分割

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肺结核

Shenzhen Hospital X-ray Set

深圳第三医院收集的肺结核胸透数据集，包含326张正常扫描和336张不正常的扫描。

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Montgomery County X-ray Set

蒙哥马利市收集的肺结核胸透数据集，包含80张正常的扫描和58张不正常的扫描。

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肺炎

Ieee8023

持续搜集公开的新冠CT扫描，目前有20个病例。

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covid19-ct-scans

数据来自Ieee8023，对20组扫描进行了左右肺和感染区的标注。基于这个数据集和另外几个数据集，大佬们做了一个新冠分割的 benchmark

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COVID-CT

包含216名新冠患者的349张胸部CT图片，从相关paper中收集。

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Figure1-COVID-chestxray-dataset

DarwinAI收集的一些新冠CT的图片，是CovidX数据集的一部分。持续更新，使用前可以先pull。

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RSNA肺炎检测

北美放射学会在Kaggle上组织的一个比赛数据集，数据来自NIH。包含26684张训练数据，有图片的分类和肺炎区域的边界框。

CovidX

CovidX数据集是DarwinAI训练CovidNet做的一个数据集，本身没有新的数据，是Ieee8023，Figure1和RSNA组合成的一个数据集。

Flyai Covid

Flyai举办的一个新冠分类比赛。

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covid19-radiography-database

跟CovidX一样是一个组合数据集，数据来自论文图片和RSNA。

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COVID-19-AR

Chest Imaging with Clinical and Genomic Correlates Representing a Rural COVID-19 Positive Population (COVID-19-AR)

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CT Images in COVID-19

Aistudio下载 相关论文：

• Artificial intelligence for the detection of COVID-19 pneumonia on chest CT using multinational datasets
• Generalized chest CT and lab curves throughout the course of COVID-19

肺结节

LIDC-IDRI

介绍论文： The Lung Image Database Consortium (LIDC) and Image Database Resource Initiative (IDRI): A Completed Reference Database of Lung Nodules on CT Scans

The public cancer radiology imaging collections of The Cancer Imaging Archive

Aistudio下载 Part1 Part2

LUNA16

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天池肺部结节

LNDB

介绍论文： LNDb: A Lung Nodule Database on Computed Tomography

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Lung Nodule Malignancy

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Data Science Bowl 17

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Lung-PET-CT-Dx

气胸

SIIM-ACR Pneumothorax Segmentation

胸

CBIS-DDSM

介绍论文： Deep Learning to Improve Breast Cancer Early Detection on Screening Mammography A curated mammography data set for use in computer-aided detection and diagnosis research

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QIN Breast

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Rider Breast MRI

ACRIN 6688

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脑

BraTS2013

BraTS2015

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BraTS2021

MSD脑瘤分割

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MSD海马体分割

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Iseg2019

ABIDE

自闭症患者的头部MRI扫描，包含539例自闭症患者和573个正常扫描对照组。 介绍论文： The autism brain imaging data exchange: towards a large-scale evaluation of the intrinsic brain architecture in autism.

下载地址

ADNI

介绍论文： Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative (ADNI)

CQ500

介绍论文:Development and Validation of Deep Learning Algorithms for Detection of Critical Findings in Head CT Scans

脑出血

RSNA Intracranial Hemorrhage Detection

肾脏

Kits19

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肠

CT COLONOGRAPHY

包含没有结肠息肉，有6-9mm息肉和大于10mm息肉的数据。

MSD肠道分割数据集

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心脏

EchoNet

介绍论文： EchoNet-Dynamic: a Large New Cardiac Motion Video Data Resource for Medical Machine Learning

MMWHS

mmwhs是心脏分割数据集，共有8类，MRI和CT两种模态 相关项目： Hybrid Loss Guided Convolutional Networks for Whole Heart Parsing

MSD心脏分割

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主动脉

冠状动脉分割

Grand Challenge下载

眼睛

DRIVE

DRIVE数据集是一个糖尿病病人眼底血管分割数据集。

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ODIR-5k

ODIR-5K包括5000名患者的年龄，双眼的彩色眼底照片和医生的诊断关键词。该数据集是上工医疗技术有限公司从中国不同医院/医疗中心收集的“真实”患者信息。在这些机构中，眼底图像由市场上的各种相机捕获，例如Canon，Zeiss和Kowa，因此导致各种各样的图像分辨率。病人的识别信息会被移除。注释由经过培训的人类读者进行标记，并具有质量控制管理。患者分为8个标签，包括正常（N），糖尿病（D），青光眼（G），白内障（C），AMD（A），高血压（H），近视（M）和其他疾病/异常（O）。

FIRE 视网膜图像数据

FIRE 是一个视网膜眼底图像数据集，包含 129张 眼底视网膜图像，由不同特征组合成 134对 图像组合。这些图像组合根据特质被划分为3类。眼底图像由 Nidek AFC-210 眼底照相机采集，分辨率为2912x2912，视觉仰角为40度。图像由 Papageorgiou Hospital 医院和Aristotle University of Thessaloniki大学共同构建，由于Thessaloniki 大学采集自39名患者。. 数据包括以下几部分内容： 1.成对的视网膜图像。 2.彩色ROI掩模（作为二值图像）。 3.特征ROI掩模（作为二值图像）。 4.每个图像对应的标注点。

STARE

STructured Analysis of the Retina数据集包含400张眼底照片，作者团队对这些数据进行了多种诊断，并对部分数据的血管进行了标注

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CHASE_DB1

Kinston大学公开的一个小规模眼底分割数据集，包含28张眼底照片及对应的分割标签。

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IDRiD

Indian Diabetic Retinopathy Image Dataset (IDRiD)

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前列腺

PANDA

MSD前列腺分割

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QIN-PROSTATE-Repeatability

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胰腺

MSD胰腺分割

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PDMR-833975-119-R

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皮肤

SIIM-ISIC Melanoma Classification

目前最大的皮肤镜图像集合，用来在皮肤病变图像中之别黑色素瘤，图片以DICOM格式提供，同时包含图像元数据，有的图像也以JPEG和TFRecord格式提供，TFRecords格式的图像已被调整为统一的1024x1024

镜检

细胞

Data Science Bowl 18

细胞核分割数据集

介绍论文： Nucleus segmentation across imaging experiments: the 2018 Data Science Bowl

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血细胞涂片分类

血细胞分类数据集包含12500张四种血细胞的照片。图片是从大的血细胞涂片照片上截下来的，数据集经过增广。图片都很小，训练时注意IO瓶颈。

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ISBI细胞跟踪

在镜检视频中像素级跟踪细胞位置

Aistudio下载 2D+Time Datasets

穿刺

BCNB乳腺癌穿刺活检

Early Breast Cancer Core-Needle Biopsy WSI (BCNB) Dataset，早期乳腺癌患者的穿刺活检WSI。在早期乳腺癌患者的病理WSI中，标注了部分的肿瘤区域，并提供了一些临床信息（age, tumor size, tumor type, ER, PR, HER2, HER2 expression, histological grading, surgical, Ki67, molecular subtype, number of lymph node metastases, label）

骨骼

MURA-1.1

介绍论文： MURA: Large Dataset for Abnormality Detection in Musculoskeletal Radiographs

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RSNA Bone Age

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磁共振图像脊柱结构多类别三维自动分割

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膝盖

MRNet

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脊椎

Verse大规模脊椎分割数据集

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VQA

PathVQA

介绍论文： PathVQA: 30000+ Questions for Medical Visual Question Answering

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内窥镜

SARAS-MESAD

SARAS-MESAD

数字病理

CAMELYON

心电图

CAMELYON

交流群

如果您对医学影像技术感兴趣，欢迎加入医学影像技术交流群 365213556 ，与更多大佬一起交流，共同进步！

医学影像数据库

TCIA:The Cancer Imaging Archive

MedPix 包含超过12000名患者和59000张影像

Belarus tuberculosis portal 包含结核病人的CT，胸透和检验数据

Grand Challenges

LONI 神经相关医学影像

TUH EEG Temple大学脑电波公开数据库，包含超过4T数据

参考项目/列表

医学影像分割挑战

胸部\肺部ct数据集

adalca

beamandrew

Stanford ML Group

omic tools

各领域公开数据集

medical-imaging-datasets

Open-Access Medical Image Repositories

Medical Image Datasets Download Links

HAM10000 dataset

Dermatology Image Classification

havard

usc

burkely

isdis

radiopedia

aimi

贡献者

（按照首次贡献时间排序）

多语言代码生成器 Mail : linhandev@qq.com

自尊心3

底迪

ChenchenHu007

lixinhui541

吖吖查

parap1uie-s

Jianpeng Zhao

Amandalala

Release Note

2021/5/21
开始添加数据集图片，接受多次外部贡献，对存量数据集进行合规检查，数据集总量达到71

2020/11/20
添加Issue模板，鼓励外部贡献，数据集数量达到67

2020/11/8
在Github发布，整理格式，添加多个数据集

2020/6/11
添加LIDC-IDIR，编写数据压缩脚本

2020/6/4
添加MMWHS心脏分割数据集，SIIM皮肤病分类比赛数据集

2020/5/27
添加ISBI细胞分割，TCGA-LIHC肝脏，4D-Lung肺部数据集，围绕乳腺癌添加一系列数据集

2020/5/20
项目添加数据集计数和release note，数据集方面添加 RSNA骨龄，PathVQA，FIRE视网膜，DDSM乳腺癌等数据集

2020/5/13
项目在Aistudio公开，包含约40个数据集