在kagggle上面有一个cafa5的比赛,可以利用proteinglm-1b-mlm来进行测试。
使用proteinglm-1b-mlm模型来对创建测试和训练数据的蛋白质嵌入。
之后利用上面的提供的开源eval文件进行评测,在A800gpu上。
项目地址:
https://github.com/SteinsHimmer/cafa5.git
步骤流程:
1.下载https://www.kaggle.com/competitions/cafa-5-protein-function-prediction/data里面的Data数据集并保存在根目录下。
2.创建相应的环境,并安装相应的库,Python版本 3.10.15(请看requirement.txt):
pip install -r requirements.txt
3.运行generate_embeddings.py,之后获得相应的npy文件。
4.运行eval.ipynb,然后取得相应评估结果(替换里面的npy文件。)
5.本来还想在A800测试一下,但本人服务器最近占用率较高,eval.py属于未完成)


在kagggle上面有一个cafa5的比赛,可以利用proteinglm-1b-mlm来进行测试。
使用proteinglm-1b-mlm模型来对创建测试和训练数据的蛋白质嵌入。
之后利用上面的提供的开源eval文件进行评测,在A800gpu上。
项目地址:
https://github.com/SteinsHimmer/cafa5.git
步骤流程:
1.下载https://www.kaggle.com/competitions/cafa-5-protein-function-prediction/data里面的Data数据集并保存在根目录下。
2.创建相应的环境,并安装相应的库,Python版本 3.10.15(请看requirement.txt):
pip install -r requirements.txt
3.运行generate_embeddings.py,之后获得相应的npy文件。
4.运行eval.ipynb,然后取得相应评估结果(替换里面的npy文件。)
5.本来还想在A800测试一下,但本人服务器最近占用率较高,eval.py属于未完成)

