SteinsHimmer/cafa5

Jupyter Notebook

0

7 commits

updated Nov 30, 2024

See the code

README

在kagggle上面有一个cafa5的比赛,可以利用proteinglm-1b-mlm来进行测试。

使用proteinglm-1b-mlm模型来对创建测试和训练数据的蛋白质嵌入。

之后利用上面的提供的开源eval文件进行评测,在A800gpu上。

项目地址:

https://github.com/SteinsHimmer/cafa5.git

步骤流程:

1.下载https://www.kaggle.com/competitions/cafa-5-protein-function-prediction/data里面的Data数据集并保存在根目录下。

2.创建相应的环境,并安装相应的库,Python版本 3.10.15(请看requirement.txt):

pip install -r requirements.txt

3.运行generate_embeddings.py,之后获得相应的npy文件。

4.运行eval.ipynb,然后取得相应评估结果(替换里面的npy文件。)

5.本来还想在A800测试一下,但本人服务器最近占用率较高,eval.py属于未完成)

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在kagggle上面有一个cafa5的比赛,可以利用proteinglm-1b-mlm来进行测试。

使用proteinglm-1b-mlm模型来对创建测试和训练数据的蛋白质嵌入。

之后利用上面的提供的开源eval文件进行评测,在A800gpu上。

项目地址:

https://github.com/SteinsHimmer/cafa5.git

步骤流程:

1.下载https://www.kaggle.com/competitions/cafa-5-protein-function-prediction/data里面的Data数据集并保存在根目录下。

2.创建相应的环境,并安装相应的库,Python版本 3.10.15(请看requirement.txt):

pip install -r requirements.txt

3.运行generate_embeddings.py,之后获得相应的npy文件。

4.运行eval.ipynb,然后取得相应评估结果(替换里面的npy文件。)

5.本来还想在A800测试一下,但本人服务器最近占用率较高,eval.py属于未完成)